Hideさんの回答は基本的に正しいです。飛行機でカナダの空港を経由する場合、乗り継ぎであってもeTAの取得が必要です。ただ、いくつか補足しておきたい点があります。
eTAの申請タイミングと費用
eTAはフライトを予約する前、または少なくとも出発前に申請しておく必要があります。申請費用は$7（CAD）で、カナダ政府の公式サイトからオンラインで手続きできます。多くの場合は数分以内に承認されますが、追加書類の提出を求められることもあるので、出発ギリギリに申請するのは避けた方が無難です。
注意したいポイント
eTAはパスポートと紐づけられるため、申請時に使ったパスポートと同じものを当日持参する必要があります。パスポートを更新した場合は、新しいパスポートで再申請が必要になります。これを知らずに古いパスポートのeTAで搭乗しようとしてトラブルになったケースも聞いたことがあるので、注意してください。
また、eTAの有効期間は発行日から5年間、またはパスポートの有効期限まで（どちらか短い方）です。一度取得しておけば、次回以降のカナダ経由便でも使えるので、早めに申請しておくと便利です。
公式の申請サイトはカナダ政府のページ（https://www.canada.ca/）から確認できます。非公式の代行サイトは余計な手数料を取られることがあるので、必ず公式サイトから申請してください。
